Intégration de programmes bioinformatiques parallèles dans biomanycores.org (printemps 2010)

Les cartes graphiques (GPU) sont un avant-goût des processeurs massivement multi-coeurs de demain, permettant un fort parallélisme à un faible coût. Ces dernières années, de nombreuses applications en CUDA ont permis d'accélérer des algorithmes critiques en traitement de séquences génomiques. L'équipe de bioinformatique Sequoia développe Biomanycores, une collection d'applications conçue pour faire le lien entre ces recherches en calcul haute-performance et le quotidien des biologistes et  des bioinformaticiens. Nous regroupons des programmes multi-coeurs et les interfaçons avec les principaux frameworks utilisés en bioinformatique (BioPerl, BioJava, Biopython).

Le but du stage est l'intégration à Biomanycores de deux logiciels bioinformatiques existants (MUMmerGPU, HMMER-GPU). Ce travail consiste en un interfaçage en Perl, Python, et Java : il demande donc d'étudier les APIs de BioPerl, BioJava, Biopython pour proposer la meilleure intégration possible de MUMmer-GPU et de HMMER. Ce travail ne nécessite pas de connaissance en parallélisme, et l'apprentissage de Perl ou Python peut se faire au cours du stage. Ce sera l'occasion de s'initier à la bioinformatique et au développement de logiciels libres dans une communauté.

Le stage aura lieu au sein de l'équipe de bioinformatique SEQUOIA, dans le bâtiment INRIA, sur des machines avec des cartes graphiques de dernière génération. Ce sujet peut être couplé avec le sujet suivant.

Programmation d'utilitaires bioinformatiques parallèles pour biomanycores.org (printemps 2010)

Les cartes graphiques (GPU) sont un avant-goût des processeurs massivement multi-coeurs de demain, permettant un fort parallélisme à un faible coût. Ces dernières années, de nombreuses applications en CUDA ont permis d'accélérer des algorithmes critiques en traitement de séquences génomiques. L'équipe de bioinformatique Sequoia développe Biomanycores, une collection d'applications conçue pour faire le lien entre ces recherches en calcul haute-performance et le quotidien des biologistes et  des bioinformaticiens. Nous regroupons des programmes multi-coeurs et les interfaçons avec les principaux frameworks utilisés en bioinformatique (BioPerl, BioJava, Biopython).

Le but du stage est le développement en OpenCL de petites applications pour Biomanycores, utiles au milieu de frameworks plus larges. En particulier, on souhaite programmer de manière parallèle des algorithmes de recherche de motifs simples et d'expression régulières, des décomptes de mots, ainsi que des algorithmes de mélange de séquences. Ces applications devront intégrées à Biomanycores (interfaçage BioPerl, BioJava et Biopython). Ce travail est l'occasion de s'initier à la bioinformatique et à la programmation parallèle en OpenCL, et de tester ces développements sur cartes NVIDIA et ATI.

Le stage aura lieu au sein de l'équipe de bioinformatique SEQUOIA, dans le bâtiment INRIA, sur des machines avec des cartes graphiques de dernière génération. Ce sujet peut être couplé avec le sujet précédent.